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液體處理專家如何自動化、標準化捕獲測序文庫制備

點擊次數:1855 更新時間:2020-10-10

 

目標區域捕獲測序技術,是根據已知特定基因組區域序列設計寡核苷酸探針,通過雜交將目標區域捕獲富集進行二代測序。其針對目標區域深度測序,增加了檢查靈敏度和準確性。既滿足研究需求,又降低測序成本,在科研、臨床中均備受關注。

 

液體處理專家貝克曼庫爾特推出Biomek 自動化捕獲測序方案,幫助您實現自動化、標準化的捕獲測序。 由自動化工作站進行基因捕獲,可以減少手工操作時間,提高工作效率,增加結果的重復性和均一性。 Biomek工作站可實現從核酸提取,文庫構建,定量混樣到捕獲的整體實驗流程。

 

Figure 1. 捕獲測序文庫構建自動化流程

 

由Biomek成功自動化的雜交捕獲試劑盒:

 

   Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent

   Agilent SureSelect XT®

   Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input

   Illumina Nextera® Rapid Capture

   Illumina TruSeq® Exome

   Illumina TruSeq® Rapid Exome

   Illumina TruSight® Cancer

   Illumina TruSight® Tumor 15

   Illumina TruSight® Tumor 170

   IDT xGen® Exome Research Panel

   NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel

   Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS

 

Biomek自動化捕獲測序數據展示

 

Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測序文庫制備。

 上圖: 片段分析,其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標片段峰;

 下圖:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結果。

Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數據vs. 

Biomek i7自動化工作站完成數據。A. 平均中靶率,B. 重復率,C. 覆蓋度,D. GC偏移。

 

Biomek向導式軟件操作界面

 

在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數量,是否使用臺面整合的PCR儀,以及運行工作流程的哪個部分。此外,具備臺面自動校對功能,當操作人員完成耗材擺放后,工作站可根據攝像頭拍攝,自動判定耗材擺放是否正確,對錯誤擺放位置進行提示。避免由于人為擺放耗材錯誤,導致設備碰撞或試劑、時間損失。

 

Figure 4. 向導式軟件操作,IDT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。

 

Biomek自動化捕獲測序——實踐速度與通量的飛躍

 

Figure 5. 完成 24/48/96個樣本的自動化IDT xGen®雜交捕獲測序文庫制備預估耗時。

 

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